El departamento de Pastoral se encarga principalmente de mantener vivas las áreas de la misión y la visión, nacidas del legado dejado por el Padre Teodoro Van Grieken, llevando la Palabra de Dios y los valores cristianos a todos los estamentos de la Comunidad Educativa, a través de las clases de religión, la organización de las misas semanales, jornadas, retiros espirituales, para alumnos y educadores. 

Apoya, encanta y acompaña a aquellos alumnos y educadores que poseen necesidades espirituales y se preocupa de formar a aquellos que desean recibir los Sacramentos de: Bautismo, Eucaristía y Confirmación.  Se preocupa además de los temas formativos para padres y apoderados a través de encuentros con los delegados de pastoral.

Por otra parte, propicia y participa activamente en actividades solidarias que sirven para reunir recursos (ropa, dinero y mercadería) tanto para estudiantes como para instituciones (fundaciones u hogares) que se ocupan de personas que sufren precariedades, dado que la solidaridad es uno de los valores más representativos del espíritu Josefino.